Najczęściej prowadzenie konta firmowego wiąże się z różnymi opłatami. Jednak dzięki nim udostępniane są nam różne udogodnienia, które znacznie ułatwiają nam zarządzanie finansami. Główną opłatą jest oczywiście opłata za samo prowadzenie konta. W jednym banku może wynosić ona przykładowo piętnaście złotych, a w innym prowadzenie może być całkowicie darmowe – warto więc dokładnie porównać oferty. Konto firmowe służy głównie do wykonywania przelewów (dla pracowników, do Urzędu Skarbowego, do Zakładu Ubezpieczeń Społecznych) i te także również mogą być płatne. Jednak coraz więcej banków wprowadza udogodnienie w postaci darmowych przelewów lub możliwość wykupienia pakietu. Gdy posiadamy firmowe konto, zazwyczaj będziemy płacić za wypłaty pieniędzy z bankomatów, które należą do innych banków. Jednak niektóre banki oferują darmowe wypłaty ze wszystkich bankomatów lub możliwość uiszczania comiesięcznej opłaty o określonej wysokości (zamiast uiszczania opłaty za każdą wypłatę pieniędzy). Niektóre banki wymagają także opłaty za założenie konta.